「すべて置換」ボタンを押した際の振る舞いに付いては、結果的に ^ 記号による指示が無効にされると言うことであると理解しました。
※ヘルプにその旨記述していただけると助かります。ヘルプ中の表現はちょっと曖昧に感じました。
すると、 vi やその互換エディタでサポートする「行範囲指定の置換」はEmEditorではサポートしていないと言うことでしょうか。
置換のダイアログを出すと、「置換」ボタンと「すべて置換」ボタン」が活性化された状態になるのですが、「選択した範囲のみ」チェックを入れると「置換」ボタンが非活性の状態となります。
つまり範囲指定した部分に「置換」ボタンを押した際の効果を与えることができない状態となっています。
※ooshida さんの書かれたような正規表現で回避できるので
とりあえずは問題ないのですが…
『「選択した範囲のみ」のチェックは行を意味している訳ではない』と言うことでしたら今回の振る舞いは納得できます。その場合は「機能追加の要望」へ「行範囲指定の置換」の機能追加願いを投稿させていただきます。