naru 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
これらのオプションは、廃止になり、その代わり、検索/置換/ファイルから検索のダイアログで、設定できるようになりました。
詳しくは、
http://jp.emeditor.com/modules/feature1/
の中の [検索] ダイアログの新機能、[ファイルから検索] ダイアログの新機能をご覧ください。
たとえば、以前の「検索/置換ダイアログ ボックスで、選択テキストを使用する」に相当するものは、検索ダイアログの [>] ボタンをクリックして表示されるメニューから、[選択テキスト] を選択した後、[既定として保存] を選択します。
他にも何かご質問がございましたら、ご遠慮なくご発言ください。
今後もよろしくお願い申し上げます。