[snoma01]

以下の私のコメントはEmEditorの問題では有りませんし、当初の投稿者に対しての回答にはなっていませんが、ご参考までに、

Adobe Flashで開発したアプリケーションをAdobe Flash Player v10.1より前のバージョンで日本語入力すると同じ問題が起きてました。Adobe社は Flash Player v10.1のリリーズで日本語入力の問題(Adobe TLF =Text Layout Format)を解決しました。これはEmEditorとは全く関係ない問題でした。