[matsuuchi]

松内です。

僕も同じ事で困っていました。
でも、保存時に改行方法を指定できますよね？
（保存ダイアログの一番下のところ）
僕はそれで「名前を付けて保存」で改行方法を希望の方法に指定して一旦保存しています。

あと、設定のプロパティで「ファイル」タブにある「保存時」ボタンを押下して、「改行方法」で指定する事もできますね。

いかがでしょうか？