自動ワークスペースは有効になっていたので無効でも試してみましたが
特に変化は分からなかったです。
キーボードショートカットでアクティブにした時に挙動が違う原因分かりました。
ファイルを選択せずにEmEditorを直に起動するとその後アクティブ時に新規書類を作りません。
エクスプローラなどからファイルを選択して起動するとアクティブにするたびに作成されました。
ただ他アプリからEmEditor.exeを呼ぶ時はどちらでも新規書類が作成されるようです。
できるなら常に作成されないオプションが欲しいところです。