yunokiさんは書きました：
柚木です。興味があったのでこちらでもテストしてみました。
zetajrさんのご指摘の内容が再現しました。確認した環境
XP MCE SP2
EmEditor Ver 7.00 レジストリを使用——————————————
・例文をドキュメントに貼り付け
・「ー」で検索
・「ー」のみがハイライト（正常）
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・例文をドキュメントに貼り付け
・「ー」を「1」に置換
・「ー」がひとつ置換される（正常）
・置換ボタンを繰り返す（正常）
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・例文をドキュメントに貼り付け
・「ー」を「1」にすべて置換
・「ー」と「―」が混同されて同時に置換（不正）
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こちらでは Windows XP SP2 でも再現しないです。おかしいですね。検索する文字列は、カーソル位置にある単語を自動的に取得してしまうので、置換する前に検索する文字列が間違っていないか確認してください。
もしよろしければ、JavaScript か VBScript で再現できるマクロを作成して書いていただけると、確実に再現できると思います。もし可能ならよろしくお願いします。