shiro2010 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
Diff プラグインのことでしょうか? 新しいバージョンの EmEditor では、[比較] 機能になりました。詳しくは、
http://jp.emeditor.com/modules/feature1/rewrite/tc_12.html
をご覧ください。比較機能では、コメントの部分も色分け表示できます。また、オプションとしてコメントの部分を無視するかどうかを指定できるので、もしコメントが色分け表示できない場合は、設定を確認してください。
どうぞよろしくお願い申し上げます。