[snow]

解決策でなくてすみませんが。
ダイアログ左列の一番上にある「最近使ったファイル」にフォルダへのショートカットも登録されるので、私の場合ここで大抵の目的は果たせています。
（これはEmEditorに限らず他のアプリケーションでも同じ）