あっ，ホントですね。すみません。調べが足りませんでした。
動作を確認し，概ねそのとおりと分かりましたが，バグがあるようです。
最初に開くファイルについてはこの設定が生きません。
◎再現手順
以下，拡張子 .js の設定「JavaScript」は，BOM 無し UTF-8 と仮定します。
[1] EmEditor を起動。
[2]「ファイルを開く」で存在しない「foo.js」を指定。
→ BOM 付き UTF-8 になる（異常）
[3] さらに「ファイルを開く」で存在しない「bar.js」を指定。
→ こんどは BOM 無し UTF-8 になる（正常）
[4] EmEditor を終了し，再び起動。
[5] 何か存在するファイルを開く。
[6]「ファイルを開く」で存在しない「baz.js」を指定。
→ こちらも BOM 無し UTF-8 になる（正常）
[7] すべてのタブを閉じる（EmEditor は終了しない）
[8]「ファイルを開く」で存在内「hoge.js」を指定。
→ BOM 付き UTF-8 になる（異常）
つまり，ほかにタブが開いていない状態で存在しないファイルを指定したときだけ BOM の設定が生きないようです。
なお，JavaScript の文字コードが「システム既定」となっていますが，JavaScript を UTF-8 以外で書くことは稀なので，BOM 無し UTF-8 をデフォルトにするのが良いのではないでしょうか。
同様に，XML が BOM 付き UTF-8 になっているのも，BOM 無し UTF-8 にするのが良いと思います。