ありがとうございます。
仕様だったのですね。
私の場合、インライン検索ではカーソル位置の単語を利用することもありますが、ファイルからの検索の場合にそれが必要なことがほとんどありません。
インライン検索とファイルからの検索それぞれについて、
・選択テキスト/カーソル位置の単語を利用
・正規表現のチェックの維持
・エスケープシーケンスのチェックの維持
の設定が個別にあると良いのかなと思いました。
(デフォルトが現在の挙動になっていれば、他の方々にも影響はないと思います)
以上ご検討いただけたら幸いです。