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回答ありがとうございます。
８ＧＢのファイル２個読込んだ時点で、「比較」の「オプションを指定して比較」を実行しようとすると上記エラーになります。
ＦＣコマンドだと違うアドレス位置のデータがだらだら表示されるだけで使い物になりません。
結局、emeditorで比較できるサイズの最大はいくらくらいまでなんでしょうか？