[mu-mu-]

Win XP（最新update済み）+ EmEditor 9.03の私の環境ではファイル検索でネットワークドライブのフォルダを消していてもフリーズしませんでした。存在しないフォルダに対してファイル検索してるのはどうかと思いましたが。

細かい環境の違いによるんでしょうか。
試しにファイアーウォールやアンチウイルスソフトを切ってみるというのはどうでしょう。