ウィンドウグループについては、ご存じでしたか、失礼しました。「一つのウィンドウで複数のファイルを編集」の初出はこちらでした。
http://jp.emeditor.com/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=flat&order=ASC&topic_id=109&forum=4
２年以上前の江村さんの発言になりますが、
現在の EmEditor のデザイン上、1 つのウィンドウの異なるペインに別々のドキュメントを表示ということは、将来もできないと思います。そのような使い方に近い方法として、ドキュメントを別グループにして、ウィンドウを並べて表示する、という使い方で対応をお願いします。
とのことです。