『ツール→全てのコマンド』のことなのかな。
『すべてのコマンド』に『ショートカットキーを割り当て』て、
通常メニューの代わりに利用するとお望みの動作になると思います。
もしくは、ツールバーのカスタマイズで、
全てのコマンドを、通常メニューに組み込んでは如何でしょうか。
『ツール→メニューの編集』で可能です。
ただ後者はめんどくさい上に、全てのコマンドはとんでもない数なので全然オススメできません。
設定でOn/OFFは僕も欲しいですね、Excelなどでも重宝していますね。個人的には、EmEditorメニューの編集が、OperaやSleipnirのようにドラッグドロップで行えたらいいなと思います。機能要望にもありませんし、当分実装されること無いでしょうから諦めるしかないですよね。。。