nayaです（WindowsXP(SP2)、EmEditor Professional Version 6.00.4）
もうほとんどVisual Studioですね。
(1)プロジェクトファイルが保存できない？
Windowsの仕様かもしれませんが、eeprojの保存先に、eeprojファイルと同じ名前のフォルダがあると保存できないみたいです。
例：デスクトップにMyWebSiteというフォルダがあると、保存しようとしても、フォルダが開いてしまいデスクトップにMyWebSite.eeprojという名前で保存できません。
(2) eeprojファイルのWクリックでも起動可能に。
eeprojファイルを開いたら、プロジェクトプラグインがOPENした状態でエムエディタを起動できるといいと思います。
また、現状ではエクスプローラに関連付けなしのアイコンですが、アイコンを割り当てて欲しいです（これはjsee、vbee、esy等にもいえる話ですが）。
(3) ファイルやフォルダの表示順序
マウスドラッグによるファイル表示順序の入れ替えを可能にし、入れ替えた順序は記憶して欲しいです（XMLを直接編集してみましたが、ダメでした）。
これに関連して、プラグインに表示するフォルダとファイルは別々にソートして表示して欲しいです。
さらに、エクスプローラ準拠で名前、種類、更新日時、アクティブ、昇順、降順にできると尚いいと思います。
以上、わかりにくい文章ですみませんが、気づいたことを書かせていただきました。今後の進化に期待しています。