正式リリースでどのようなインストール方法になるのかわかりませんが、現在ポータブル版を使用していて、これをアップデートする際にiniファイルをパッケージに付属しているもので上書きしないようアーカイバにてiniファイル以外を選択してD&Dで既存の試用環境に上書きしています。
これは秀丸エディタなど、世間の製品でも考慮されていないものが結構存在しますが、デフォルトの設定ファイルとユーザー設定のファイルを分けるという事をEmEditorでも是非お願いしたいところです。
デフォルト用サブディレクトリを用意し、そこにiniファイルやテンプレート等のデフォルト定義ファイルを入れておき、EmEditorのカレントにファイルが見つからないときにはデフォルト用フォルダを参照し、保存時はカレントにおこなうという形へと修正されることを強く望みます。
こうすることで動作が怪しくなった際もユーザー設定のiniファイルをリネームしたり別の場所に移動するだけでデフォルト状態の動作確認が出来ます。
現在ですとiniファイルを消しても動作しますが新規インストール直後とは状態が異なります。
また設定ファイルのデフォルトが変更されたとしても、デフォルト設定のファイルがないと何が変更されたのかわかりませんし、設定を従来通りにしたいのか、新しい設定にしたいのかという選択を自分で行いたい場合もあります。
UIで以て変更するのは時にはとても面倒ですし、何が変更されたのかについての個々の確認はいわずもながです。
具体例を挙げれば、C/C++の規格が更新され追加されたキーワードがデフォルトのキーワード強調に反映されたとしても、インストール時にユーザー設定ファイルを書き換えないようにしているだけなら既存ユーザーはそれに気付くことさえ出来ません。
テンプレートも同じです。
訳あってデフォルトを変更した方が良いような状況になった場合、既存のようにデフォルトもユーザー書き換えも同じパスであるとインストール時には書き換えないという選択しかできません。
例えユーザーに問い合わせたとしても何がどう変わるのか具体的なところがわからないために消極的な選択しかできないことでしょう。