いつもお世話になっております。江村です。
スペースを含むパスについては、アングルブラケット（< >）で囲むことで問題なく表示されます。例えば、以下のようになります。
[link](</my uri>)
詳しくは、以下のリンクもご参照ください。現時点では、Example 489 がその例になります。
https://spec.commonmark.org/0.31.2/#example-489
なお、EmEditor の Markdown ツールバーからリンクを作成する場合、v25.1.2 とそれ以前ではアングルブラケットが自動で追加されません。この点については、まもなく公開する次のバージョンで対応いたします。
引き続きよろしくお願いいたします。