お世話になっております。江村です。
既定のメニューの変更は、多くのユーザーにとって混乱を招く可能性があり、私たちにも多くの問い合わせが寄せられることがあります。そのため、既定メニューを変更する際は、ユーザーにとってのメリットを慎重に検討する必要があります。
今回の件についてですが、[ウィンドウ] の一番上にある [常に最上位] を誤ってクリックした場合は、再度そのメニュー項目をクリックするだけで元に戻せると考えています。したがって、これはメニューの位置とは関係ないと思われます。
また、EmEditor Professional をお使いでしたら、お好みに合わせてメニューは自由にカスタマイズ可能です。
もし私の理解に誤りがありましたら、ご指摘いただければ幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。