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Portable 版で設定を変更しつつ試しています。まだ再現してませんが他の問題を見つけたので、ついでにこちらに投稿します。
マーカの設定で「単語のみ」を有効にしていると、１文字範囲選択した場合にその文字がハイライトされません。これは仕様でしょうか。範囲選択した場合はその範囲の文字列をハイライトしてくれると使い勝手が良いと思います。