いつもお世話になっております。江村です。
調査結果をご報告いただき、誠にありがとうございます。
（Ａ）の事実から、EmEditorがファイルを開く際にパーティションの情報（フォーマットすると変化する何らかのパラメータ）を利用していると推定されます（ほぼ確定）。
（Ｂ）の事実から、EmEditorがファイルを開く際にOSの再起動で変化する情報を利用していて、その情報が条件付きで行数位置算出に影響を与えていると推定されます。
と推測されていますが、記録のために書いておくと、これは正しくありません。
実際には、問題はファイルのサイズと読み込み速度に依存しており、パーティションの情報などは関係ありません。ファイルの読み込みの初めは速く、その後速度が遅くなる場合にご指摘の問題が発生していました。この不具合は、v24.4.2 および v24.4.903 で修正済みです。また、今後同様の不具合が発生しないように、v24.4.904とまもなく公開する v24.5 では、ファイルサイズに内部的不整合がある場合に警告メッセージを表示する機能を追加しました。さらに、新機能の [検証] コマンドにより、開いたファイルの整合性やディスク、メモリの問題がないかを確認できるようになっています。ぜひ最新版に更新してご利用ください。
この度はご迷惑をお掛けし、申し訳ありませんでした。何かお気づきの点がございましたら、メールまたはフォーラムでご連絡ください。
今後ともよろしくお願いいたします。