いつもお世話になっております。江村です。
3つのファイルをダウンロードし、再現手順に従って試してみましたが、初回、2回目、再起動後の3回目ともに、ファイルの行数に変化は見られませんでした。実際に開いた直後にステータス バーに表示されたファイルサイズと行数は以下の通りです。
jawiki-20241020-abstract.xml
2.32 GB (2,495,630,385 バイト), 20,871,118 行。
jawiki-20241020-pages-meta-current.xml
21.9 GB (23,544,648,340 バイト), 307,099,309 行。
enwiki-20241020-abstract.xml
6.70 GB (7,201,978,416 バイト), 85,969,885 行。
また、ファイルを開いて編集せずに「名前を付けて保存」を行い、保存前後のファイルを比較しましたが、変更はありませんでした。テストに使用した環境は、CPU: 13th Gen Intel Core i7-1360P 2.20 GHz、RAM 16.0 GB、EmEditor Version 24.4.902 です。
お使いのディスクに異常がないか確認していただけますでしょうか？ Notepad++ で開いただけでは確認できないと思いますので、OSのツールや、chkdsk コマンドなどで、ディスクに問題がないか確認してみてください。
どうぞよろしくお願いいたします。