[snow]

なぜかeeOpenAllowNewWindowを指定しても新しいウィンドウが開かれずにそのままロードしてしまうことがあるようで、現状は

editor.NewFile();
if (shell.FileExists(file)) {
    editor.OpenFile(file, eeOpenDetectUTF8);
}

とすることにしました。
環境に起因する問題なのかは分かりません。