いつもお世話になっております。江村です。
お送りいただいたマクロ ファイルの最終行は、
document.selection.BatchReplace(batch_list, eeReplaceAll,eeExFindRegexOnigmo);
となっていましたが、これだと文書全体に対して置換を行うため、期待した通りの動作ということになります。もし、選択範囲のみで置換を行いたい場合には、
document.selection.BatchReplace(batch_list,eeFindReplaceSelOnly | eeReplaceAll,eeExFindRegexOnigmo);
というように、 eeFindReplaceSelOnly フラグを追加指定する必要があります。
よろしくお願いいたします。