五月雨ですみません。あと何点か。
・EmEditor本体の再起動時、各フォルダの開閉状態を再現
地味ですが、フォルダが多いと時々分からなくなります。
・ツリーメンバードラッグの、フォルダ移動以外の機能
編集領域にドロップしたら文書の挿入、それ以外のところなら通常の「開く」動作になると便利だと思います。
（クリックと間違えてドラッグしてしまうことが時々あります…）
・ファイルの新規作成・コピー機能
OS上のフォルダと対応して考えていると、どうしてもフォルダ上の操作で新規作成やコピーをしたくなります。
仮想ツリーである以上実際の保存先を指定するのは致し方ないとしても、新規ファイルを作成できないのはやはり「プロジェクト」としては不足に感じます。
なお、削除は二段階あった方が安全なので今のままで良いと思っていますが、選択できると便利かもしれません。
ご検討いただければありがたく思います。
よろしくお願いいたします。