表現が悪くて失礼しました。いずれもコマンドプロンプト（cmd.exe）からの起動テストでした。
終了扱いになったかどうかは，次のコマンドプロンプトが表示されて入力待機になっているかどうかで判断しています。
別のPCでダウンロードしたばかりのポータブル版（未登録状態）も試しましたが，いずれもすぐに終了扱いとなります。
EmEditor.exe /sp
ee256.exe /sp
カスタマイズの「EmEditorの高速起動」のチェックは外れていますので，多分OFFです。一応，ON/OFFのどちらでも駄目でした。
もちろん，呼び出し側で「終了扱い」になっているだけですので，
for /l %i in (1,1,10) do (ee256 /sp)
などとすれば，すぐに10個起動します。その際，タスクマネージャでも 10個起動した扱いになっています。
ところで先ほど思いついて試したところ，（.exe は省略）
ee256 即終了扱い（予定動作）
emeditor 即終了扱い（予定動作）
ee256 /sp 即終了扱い（異常動作？ ※想定と異なる）
emeditor /sp 即終了扱い（予定動作？ ※以前とは異なる）
start ee256 即終了扱い（予定動作）
start emeditor 即終了扱い（予定動作）
start ee256 /sp 即終了扱い（予定動作？）
start emeditor /sp 即終了扱い（予定動作）
start /wait ee256 即終了扱い（予定動作 ※/waitへの期待とは異なる）
start /wait emeditor 即終了扱い（予定動作 ※/waitへの期待とは異なる）
start /wait ee256 /sp 起動状態で待機（期待される動作）
start /wait emeditor /sp 即終了扱い（予定動作 ※/waitへの期待とは異なる）
確認のためにまとめると，
１．バッチ処理的な使い方をする際に，終了を待機させたい場合がママある。
２．以前は /sp をつけるだけで上手く行っていたが，なぜか待機してくれなくなった。
３．cmd.exe 上で試すと，以前は /sp で終了待機していたものが，今はすぐに制御が戻ってしまっている（終了扱い？）。
４．現状では，start /wait eeXXX.exe /sp で起動した場合のみ期待した動作をしそうなので，これで試してみる（未検証）。
もしかしたら，Windowsの挙動が変更になったという可能性もあるのでしょうか。それなら諦めるしかないですが。
一応，Windows 10 Pro Version 1903 (OS build 18362.418)，EmEditorもOSも64ビット版です。
また何か解ったら報告します。