[タブが有効時に現在のウィンドウ位置とサイズを保存、復元] は有効にしました。 これは、どちらに効果があるのでしょうか。
今のところ、どちらも改善していないようです。
[常に最上位の状態を保存] についてはどのように動作するかは理解しましたが、そういう使い方を望んでいるわけではないです。
トレイアイコンから「新規作成（して貼り付け）」を実行したときのウィンドウが初期表示で最前面に表示されればそれでよいのです。ですが、他のウィンドウの背面に初期表示されることがしばしばあります。
画面描画がされない件についてですが以下のようにしてみたところ不具合の頻度が減った気がします。
トレイアイコンの設定＞
・マウス左ボタンをクリック ⇒ 未定義にする
・マウス左ボタンをダブルクリック⇒「新規作成して貼り付け」（これまで通り）
先日までは マウス左ボタンをダブルクリックするときにまず「トレイアイコンメニュー（1）」が一瞬出てきて、ダブルクリック完了後に 「新規作成（貼り付け）」が動作していました。
メニューが出てこないようになると多少不具合の頻度が減った気がします。
もう一点気づいたこととして、
「新規作成（して貼り付け）」の時に画面描画がスムーズでないと感じることがあります、ウィンドウ描画もゆっくりに感じられるくらい描画処理が遅いです。
私のEmEditor画面カラーは背景色を濃いグレーにしています。「新規作成（して貼り付け）」時に、ウィンドウが（前面に）現れると まず 背景色の白いウィンドウが表示されます。（背景色がグレーの設定にもかかわらず）、その後で見ていてもわかるくらいに（コンマ何秒か）描画が止まり、黒い背景に切り替わります。
また別の点で気づいたこととしては、
このトピックの初回投稿時に、「 不具合で画面描画されないままの場合「画面をCtrl+A などで選択すると 描画される」」と書きましたが、Ctrl+Aの代わりに画面クリック1回でも描画がされるケースもありました。さらに、1回のクリックでは描画が完全にされず、2回もクリックする必要があるときもありました。
なんだか最近EmEditorの画面描画がもっさり感じることもあるのですが、このあたりの画面表示の様子が参考になりませんでしょうか。
できれば、昔のようなキビキビした動作の気持ちよさを取り戻してほしいです。