関連した事象ですが、
こちらもbeta 3からの発生ですが、
フィルターから検索時に、マーカーの更新のダイアログが表示されてしまう場合があり、そしてこの進捗状態で止まってしまい、エディタがクリックを受け付けなくなります。
（キャンセルを押しても、キャンセルボタンがクレイアウトするだけでキャンセル出来ません。）
ファイル＞全てを閉じる でも終了出来ないので、タスクマネージャから終了させる以外ありません。
画像はダイアログと現象発生時のフィルターツールバーの状態です。
https://www.dropbox.com/s/exv1cx6d8gs18sj/2018-10-31_193828.png?dl=0
こちらの方が挙げている現象に似ております。
https://jp.emeditor.com/forums/topic/%E5%85%A8%E3%81%A6%E9%80%A3%E7%B6%9A%E7%BD%AE%E6%8F%9B%E3%81%A7%E3%81%AE%E4%B8%8D%E5%85%B7%E5%90%88/