これとよく似た現象を見つけたので報告します。
こんどは合成用濁点ではなく，欧文に使う合成用ダイアクリティカルマークです。
U+0061 U+006F U+0302 U+0065 という文字列を表示します。
つまり，「aoe」の「o」と「e」の間に合成用のサーカムフレックスを入れます。
すると，本来なら「aôe」のように見えるはずです。
ところが，Source Code Pro や Consolas では「aoê」のように，サーカムフレックスが「e」の上に付いたように表示されます。
この「a」を他の文字に変えると，例えば「c」に変えると，正常に「côe」と表示されます。
いろんな文字で試すと，異常なのは「abefijkopqruvwxzAEFKOQRUVWXZ」を使ったときで，それ以外のアルファベットだと正常です。また，いくつか試した記号や（英字以外の）文字では正常でした。
フォントをいろいろ変えてみると，異常な場合の表示のされ方が少し違うものの，異常の起こり方は（試した範囲では）同じでした。
Source Han Code JP N や Inconsolata では，異常な場合のみサーカムフレックスがバッテンマークになります。
Georgia や游ゴシックでは，異常な場合のみ，サーカムフレックスが合成されずに独立の文字として表示されます。
Linux Libertine G では，異常な場合のみサーカムフレックスが消えます。
U+0061 U+006F U+0302 U+0065 が正常に表示されるフォントは，試した範囲では一つもありませんでした。
OS は Windows 10 Pro（バージョン 1803，ビルド 17134.165），64 bit OS です。
EmEditor は 17.9.0（64 bit）です。