江村様
しばらく使ってみました。
v17.1.4にてマーカーの一致も以前より分かりやすいです。
現在の状態は 行番号側(ウィンドウ左側）のマーカーを見ればある程度分かる場合もありますし、
マーカー位置の情報が何か所もあるのは便利なこともある反面、情報過多となっており思考を邪魔することがあります。
一案として
情報を減らすことによってマーカーの位置が異なることを気にせずに済むメリットもありますので
「行番号側にも同様の内容が表示される情報（ブックマークなど）を、(全体表示の場合に限って）ミニマップ側には 表示しない」 切り替えオプションがあると良いかなと考えました。
