ポータブル版なのですが、Iniファイルのどのキーに、Pluginの情報が入っているか、など、
記載可能でしょうか？
あるいは、GUIで確認できますでしょうか？
ver16.9.3では、
プラグインの設定 の画面に、プラグインが一覧で出ていますが
ver 17.0.0 にあげると、登録が消えてしまうようです。
「プラグインの設定を変更」というのは、
個別に設定変更という意味でしょうか？
自作のプラグインなどは、EmEditorのGUIからの設定は行わず、
たいてい、設定ファイルを直接編集するものだったりするので
昔からの登録がない状態だったけど、フォルダにあったから読み込まれていた
という状態になったのかもしれないです。
EmEditor標準搭載のPluginだけは
ver17.0.0で表示されますが、
自作や、他の方が作られたPluginは全て消えるようですね。
まあ、登録しなおせばすむ話なのですが。
Download DelFusaFloor
http://delfusa.main.jp/delfusafloor/download/download.html