開発お疲れ様です。
本件、v16.6.0 beta 3 にて、発生しなくなりました。
おそらくは、
https://jp.emeditor.com/forums/topic/splitbox-%e3%83%97%e3%83%a9%e3%82%b0%e3%82%a4%e3%83%b3-32bit-%e5%88%86%e5%89%b2%e3%83%9c%e3%83%83%e3%82%af%e3%82%b9%e4%bd%bf%e7%94%a8%e6%99%82%e3%81%ab%e3%80%81%e7%95%b0%e5%b8%b8%e7%b5%82%e4%ba%86/
が修正されたことによるものと思われます。
ありがとうございました。