補足です。
自分の環境では、以下のパスが「更新チェッカーのカスタマイズ」にある「ダウンロードフォルダ」に指定されています。
C:\ProgramData\Emurasoft\EmEditor\updates\
上記に「update64_14」というフォルダがあり、その下に「emed64_15.1.0.exe」などの過去のインストーラが溜まっていきます。
最初に気づいたときは1年以上前のファイルも残っていたため、手動で削除しました。
手動で削除しなくても、ある程度の数になると自動でクリーンアップされるのでしょうか？
以上お時間のある時にでもご返答いただければ嬉しいです。
Windows 8.1
EmEditor Professional (64-bit)
Version 15.1.7