redakt55 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
UTF-8 のファイルを開いてから、ステータス バーのエンコード（この場合、「UTF-8（BOM無し）」）をダブルクリックすると、保存用エンコードを変更するのではなく、ファイルを指定するエンコードで読み直しを行おうとします。したがって、この場合、「日本語（シフトJIS）」を選択すると、既に存在する UTF-8 のファイルをシフトJISで開こうとするため、指定したエンコードで変換できない文字が存在するために、警告メッセージが表示されます。さらに、シフトJISでファイルを開いた後に編集を続行して保存すると、ファイルが壊れることになります。
「一覧からエンコードを選択する」にして，「日本語（シフトJIS）」を選ぶと当然文字化けする、というのは、UTF-8 をシフトJISとして解釈して開いているためで、これで正しいです。
エンコードを変更して保存したい場合には、[ファイル] メニューの [名前を付けて保存] を選択して表示されるダイアログの中で、「エンコード」ドロップ ダウン リストから、エンコードを指定するか、または、「クイック起動」または「すべてのコマンド」から、「…で保存」を選択します。
よろしくお願い申し上げます。