このエントリと関係があるのかよく分かりませんが、
EmEditor Professional (64-bit) Version 14.5.0
で、テキスト・ファイルを新規作成し、「上書き保存(Ctrl+S)」で
保存する際に、EmEditorの本体がインストールされたフォルダが
デフォルト・フォルダとして記憶されたまま変わらないようです。
その保存フォルダを変更して、任意のファイル名を付して、ファイル
を保存します。
次にまたテキスト・ファイルを新規作成した後に、そのファイルを
保存しようとすると、上記のEmEditorの本体がインストールされた
フォルダが開かれてしまう、ということです。
もともと、前の、Version 14.4.4では（もっともそれ以前のバージョン
からずっと継続して、ですが）、
ツール-カスタマイズ-ファイル
の、「開く/保存フォルダを記憶(L)」にチェックを入れた状態でした。
また、
ツール-現在の設定のプロパティ-ファイル
の、「新規作成時(F)…」について、「初期フォルダを設定(F)」には
チェックを入れておらず、何もフォルダを指定していない状態でした。
以上の2つの設定については、見かけ上は、14.5.0にもそのまま
引き継がれた状態でした。
なお、この14.5.0に（上書き）アップデートする際に、14.4.4をタスクトレイに
入れたままの状態でアップデートしてしまっています
（本体のウィンドウは終了させていましたが…）。
それで、一旦、上記の「開く/保存フォルダを記憶(L)」のチェックを
外して、EmEditorを終了し、再度、そのチェックを入れ直したところ、
元の通りの希望する動作になりました。
つまり、保存フォルダを記憶していてくれる状態に戻りました。
何か私の操作が間違っている、特殊私の環境依存、等々の問題なの
かもしれませんが、一応ご報告まで。
環境：
CPU / Intel Core i5 4440
memory / DDR3-1600 8GB(4GB*2)
graphics / Intel HD Graphics 4600 (CPU内蔵)
drive / Intel SSD 335 180GB
OS / Windows 8.1 Update x64 日本語版（無印）