以前も提案したと思うのですが、現在の白背景のほか、黒背景のプリセットを作ってはいかがでしょうか？
黒背景だけでなくて、青背景、ベージュの背景なども出来れば欲しくなってきますよね。C++, HTML, Ruby, JavaScript…、設定に関わらず、同様の配色を使いたいものです。
vimはその辺りをColor Schemeという機能でサポートしています。
http://www.cs.cmu.edu/~maverick/VimColorSchemeTest/index-html.html
このvimのカラースキームは設定を超えて適用されます。
なぜ、そのようなことが可能かというと、配色を番号ではなくて、IdentifierやTypeといったGroupで管理しているからです。
http://d.hatena.ne.jp/eji/searchdiary?word=*%5BVim%5D
一方、EmEdtiorの方はどうなっているかというとデフォルトで「強調文字列(4)」に予約語を割り当てるという規則性はあるものの、その他については統一が取れていないようでした。
http://www37.atwiki.jp/emeditor/pages/116.html
そこで、強調文字列の何番には基本的に、どういうキーワードを割り当てるというようなガイドラインを策定し、デフォルトの各設定の強調表示の配色は基本的にそれに従うように設定しなおし、ヘルプにガイドラインを記載するようにします。その後、ユーザーが作るesyファイルはなるべくそれに従うようにします。
その上で、設定の表示から配色設定をEmEditor Color Schemeファイルのようなものとしてインポート、エクスポートできるようにすれば、設定の互換性を保ったまま、vimのように、ユーザー間で、そして異なる設定間で配色のデータを共有することが出来るようになると思います。もちろんウェブサイトでライブラリとしてアップロード、ダウンロードできるようにします。
いろいろ面倒なことはあると思いますが、このようなことをすることで、プログラム的な変更はすくなめで、EmEditorに新しい楽しみ方が増えるのではないかと思いました。ぜひ、前向きにご検討いただければと思います。