江村様
早速のご返信ありがとうございます。
[次の文書コマンドで最後に使用した文書に切り替える] チェック ボックスのON・OFFに関係なく、後から開いた文書（タブ）が、Ctrl+Tab （当方の場合、Ctrl+Down）のループの対象から外れたりして、ちょっと挙動がわかりにくいです（こう動くはず、という予測どおりでないといいますか？？）。
何はともあれ（＝タブの表示順序の入れ替えに関わらず）、「そのときに」開いているタブを左から順次ループさせるのが一番シンプルでわかりやすく思えますが・・・
それとお示しいただいた、http://jp.emeditor.com/support/#toggle-id-98を拝見しましたが、120件ほどのFAQが並んでいて、No98がどれかがわかりませんでした（当方ブラウザIE10です）。