[クリップボードで改行方法を保持]がオンになっていても、
CSVモードのセル内のLF改行（反転J）やCR改行（反転M）が
[列を選択]等で箱型にコピーされた場合に、CRLF改行に変換されます。

http://jp.emeditor.com/help/dlg/properties/general/no_change_cr_lf.htm
少なくとも本設定がオンの場合はセル内改行は当然維持されるべきですが、
オフの場合でもセル内改行がCSVフォーマットと無関係なデータとしての改行コードと考えれば、
こちらもCRLFに変換されるべきではないと考えます。
ただ本不具合対応は他のユーザー様の意見も聞かれた上で
仕様を確定させて修正して頂ければと思います。

環境はEmEditor Pro 32bit portable 11.0.5、Win XP Pro 32bit SP3です。

OJN 様

いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。

箱型選択の貼り付けの場合、2種類あって、既に文字と改行が存在する行の間に挿入する場合と、文書がなくて新たな行を追加しなければならない場合があります。前者の場合、既に存在する改行の種類を変更するのは不自然なので、現在のままとします。後者の場合、新たな行を追加することになるため、[クリップボードで改行方法を保持] がオンなら、クリップボードにある改行方法をそのまま貼り付けるようにします。

また、行の折り返し方法が、[折り返さない] 以外の場合で、複数行の箱型選択の貼り付け方法について、コピーの場合と同様、論理行で貼り付けになるよう、少し修正を加え、同時に最適を行いました。次の先行バージョン (v11.1.4 beta) でこれらの変更を行いました。公開されたらお試しいただけると幸いです。

この度はご意見をいただき、ありがとうございました。
今後もどうぞよろしくお願い申し上げます。

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EmEditor 開発者
江村　豊
http://jp.emeditor.com/