問題ありません。ただし、一部の設定については、既定にリセットされてしまうことがあります。もし、将来、EmEditor Professional (Standard) に戻して使う予定がある場合は、EmEditor Professional (Standard) の [ツール] メニュー [インポートとエクスポート] を選択し、現在の設定をエクスポートしてから、EmEditor Free をインストールすることを推奨します。
ただし、万一、予期せぬ問題が発生した場合は、Windows スタート メニュー - [コントロール パネル] - [プログラムの追加と削除] から、EmEditor を選択して [削除] ボタンをクリックし、EmEditor Professional (Standard) を完全にアンインストールしてから、EmEditor Free をインストールしてください。