はい、できます。レジストリ エディタ(RegEdit.exe)を実行し、HKEY_CURRENT_USER\Software\EmSoft\EmEditor v3\Common を検索してください。TrayIconFile という値を REG_SZ で作成し、アイコンファイルのパスを指定し、TrayIconIndex という値を REG_DWORD で作成し、アイコンのインデックスを指定してください。また、みなづきさんのツール「MnzkTrayIconChanger」を使っても、アイコンを変更できます。こちらからダウンロードできます。